Last updated on 2019-04-22 07:46:36 CEST.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 1.2.0 | 17.26 | 197.94 | 215.20 | ERROR | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 1.2.0 | 15.16 | 151.51 | 166.67 | ERROR | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 1.2.0 | 255.47 | ERROR | |||
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 1.2.0 | 244.89 | ERROR | |||
| r-devel-windows-ix86+x86_64 | 1.2.0 | 37.00 | 210.00 | 247.00 | ERROR | |
| r-patched-linux-x86_64 | 1.2.0 | 15.22 | 193.29 | 208.51 | ERROR | |
| r-patched-solaris-x86 | 1.2.0 | 354.80 | ERROR | |||
| r-release-linux-x86_64 | 1.2.0 | 13.86 | 218.84 | 232.70 | OK | |
| r-release-windows-ix86+x86_64 | 1.2.0 | 22.00 | 314.00 | 336.00 | OK | |
| r-release-osx-x86_64 | 1.2.0 | OK | ||||
| r-oldrel-windows-ix86+x86_64 | 1.2.0 | 22.00 | 304.00 | 326.00 | OK | |
| r-oldrel-osx-x86_64 | 1.2.0 | OK |
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running 'testthat.R' [68s/72s]
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
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| | 0%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
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| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
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| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
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| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
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| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
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|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
-- 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) -------
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) -------
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
-- 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) -------
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
-- 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) --------
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
== testthat results ===========================================================
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-clang
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [53s/74s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) ───────
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) ───────
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
── 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) ───────
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) ────────
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
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function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
══ testthat results ═══════════════════════════════════════════════════════════
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [83s/87s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) ───────
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) ───────
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
── 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) ───────
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) ────────
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
══ testthat results ═══════════════════════════════════════════════════════════
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [80s/83s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) ───────
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) ───────
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
── 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) ───────
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) ────────
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
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function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
══ testthat results ═══════════════════════════════════════════════════════════
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running 'testthat.R' [72s]
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
-- 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) -------
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
-- 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) -------
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
-- 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) -------
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%-- 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
-- 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) --------
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
== testthat results ===========================================================
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-devel-windows-ix86+x86_64
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [68s/72s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) ───────
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) ───────
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
── 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) ───────
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) ────────
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
26 26
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
══ testthat results ═══════════════════════════════════════════════════════════
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-patched-linux-x86_64
Version: 1.2.0
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [120s/147s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(climwin)
Loading required package: ggplot2
Loading required package: gridExtra
Loading required package: Matrix
>
> test_check("climwin")
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "PDeltaAICc may be unreliable with so few randomisations"
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative mean lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
[1] "randomization number " "1"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "randomization number " "2"
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative NA lin
[1] "randomization number " "1"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.667292
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "randomization number " "2"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 0.6652655
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181) ───────
round(rand[[1]]$deltaAICc[1], 1) == 1.2 isn't true.
── 8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182) ───────
round(rand[[1]]$ModelBeta[1], 1) == -0.4 isn't true.
── 9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183) ───────
round(rand[[1]]$ModelInt[1], 1) == 132.6 isn't true.
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
[1] "Linear mixed effects models are run in climwin using maximum likelihood. Baseline model has been changed to use maximum likelihood."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 Temp relative max lin
2 Rain relative max lin
3 Temp relative min lin
4 Rain relative min lin
5 Temp relative max quad
6 Rain relative max quad
7 Temp relative min quad
8 Rain relative min quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin 10 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 Temp relative max lin NA 10 TRUE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin TRUE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func binary upper lower
1 Temp relative max lin FALSE 15 10
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 10. Failure: lmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation (
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -17.3 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%── 11. Failure: glmer [lme4] models can run in slidingwin with cross-validation
round(test[[1]]$Dataset$deltaAICc[1], 1) == -3.5 isn't true.
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
|||||||||||||||||||||||| | 33%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope log
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative slope inv
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max quad
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max cub
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max log
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max inv
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max centre
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func upper lower binary
1 climate 1 absolute max lin 15 NA FALSE
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 absolute max lin
[1] "Initialising, please wait..."
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%[1] "All combinations to be tested..."
climate type stat func
1 climate 1 relative max lin
[1] "Initialising, please wait..."
|
| | 0%
|
||||||||||||| | 17%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 50%
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 100%$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -1.895313
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
── 12. Failure: weightwin works properly with k (@testweightwin.R#109) ────────
round(test$WeightedOutput$deltaAICc, 1) == -2 isn't true.
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.739461
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.263263
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -2.711406
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 1.943122
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] 2.271219
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 2.6725238 0.7067888 0.0000000
$value
[1] -0.3947938
$counts
function gradient
27 27
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.8735816
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
[1] "Missing climate data detected. Please wait while NAs are replaced."
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -0.6337088
$counts
function gradient
1 1
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
$par
[1] 3.0 0.2 0.0
$value
[1] -36.69419
$counts
function gradient
1 1
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[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: NORM OF PROJECTED GRADIENT <= PGTOL"
══ testthat results ═══════════════════════════════════════════════════════════
OK: 686 SKIPPED: 3 FAILED: 12
1. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#39)
2. Failure: Check randwin output with slidingwin and max (@testrandwin.R#41)
3. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#85)
4. Failure: Check randwin output with slidingwin and mean (@testrandwin.R#87)
5. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#135)
6. Failure: Check randwin output works with spatial replication (@testrandwin.R#137)
7. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#181)
8. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#182)
9. Failure: Check randwin output with weightwin (@testrandwin.R#183)
1. ...
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Flavor: r-patched-solaris-x86