Last updated on 2020-01-11 13:47:17 CET.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 1.3.0 | 47.25 | 192.57 | 239.82 | NOTE | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 1.3.0 | 43.65 | 146.06 | 189.71 | NOTE | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 1.3.0 | 295.94 | NOTE | |||
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 1.3.0 | 291.37 | NOTE | |||
| r-devel-windows-ix86+x86_64 | 1.3.0 | 63.00 | 11.00 | 74.00 | ERROR | |
| r-devel-windows-ix86+x86_64-gcc8 | 1.3.0 | 104.00 | 352.00 | 456.00 | OK | |
| r-patched-linux-x86_64 | 1.3.0 | 45.21 | 165.63 | 210.84 | OK | |
| r-patched-solaris-x86 | 1.3.0 | 533.20 | ERROR | |||
| r-release-linux-x86_64 | 1.3.0 | 45.43 | 165.75 | 211.18 | OK | |
| r-release-windows-ix86+x86_64 | 1.3.0 | 132.00 | 403.00 | 535.00 | OK | |
| r-release-osx-x86_64 | 1.3.0 | OK | ||||
| r-oldrel-windows-ix86+x86_64 | 1.3.0 | 74.00 | 293.00 | 367.00 | OK | |
| r-oldrel-osx-x86_64 | 1.3.0 | OK |
Version: 1.3.0
Check: for non-standard things in the check directory
Result: NOTE
Found the following files/directories:
'GoogleEarthTree.kml' 'geotree.csv' 'phystring.tre'
Flavors: r-devel-linux-x86_64-debian-clang, r-devel-linux-x86_64-debian-gcc, r-devel-linux-x86_64-fedora-clang, r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc
Version: 1.3.0
Check: whether package can be installed
Result: ERROR
Installation failed.
Flavor: r-devel-windows-ix86+x86_64
Version: 1.3.0
Check: examples
Result: ERROR
Running examples in ‘BPEC-Ex.R’ failed
The error most likely occurred in:
> ### Name: bpec
> ### Title: Bayesian Phylogeographic and Ecological Clustering (BPEC)
> ### Aliases: bpec plot.bpec summary.bpec mean.bpec print.bpec
> ### Keywords: phylogeography clustering Bayesian phylogenetics
>
> ### ** Examples
>
> ## if you want to load the `mini' example Brown Frog dataset
> data(MacrocnemisRawSeqs)
> data(MacrocnemisCoordsLocsMini)
> rawSeqs <- MacrocnemisRawSeqs
> coordsLocs <- MacrocnemisCoordsLocsMini
>
> dims <- 3 #this is 2 if you only have geographical longitude/latitude.
> #(add 1 for each environmental or phenotypic covariate)
> maxMig <- 2 #you will need a higher maximum number of migrations, suggest 7
> ds <- 0 #start with ds=0 and increase to 1 and then to 2
> iter <- 1000 #you will need far more iterations for convergence, start with 100,000
> postSamples <- 100 #you will need at least 100 saved posterior samples
>
> #run the Markov chain Monte Carlo sampler
> bpecout <- bpec.mcmc(rawSeqs,coordsLocs,maxMig,iter,ds,postSamples,dims)
The dataset appears to have some integer-valued environmental/phenotypic entries.
If this is not correct, check the value you have given for dims.
Starting BPEC...
Inferring possible missing sequences....
Counting loops in the network...
The program found no loops that need to be resolved in the network
Number of iterations is 1000
Number of saved iterations 100
Sample size is 40
Effective sequence length is 8
Total number of haplotypes (including missing) 10
Dimension is 3
Parsimony relaxation is 0
Maximum number of migrations is 2
Starting the MCMC sampler (burn-in ends at 90% and acceptance rate re-started):
Chain 1: | | 0% (accepted samples 0 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|= | 5% (accepted samples 17 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|== | 10% (accepted samples 41 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|=== | 15% (accepted samples 63 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|==== | 20% (accepted samples 86 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|===== | 25% (accepted samples 108 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|====== | 30% (accepted samples 140 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|======= | 35% (accepted samples 166 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|======== | 40% (accepted samples 190 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|========= | 45% (accepted samples 221 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|========== | 50% (accepted samples 232 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|=========== | 55% (accepted samples 240 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|============ | 60% (accepted samples 252 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|============= | 65% (accepted samples 267 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|============== | 70% (accepted samples 292 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|=============== | 75% (accepted samples 314 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|================ | 80% (accepted samples 327 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|================= | 85% (accepted samples 342 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|================== | 90% (accepted samples 0 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|=================== | 95% (accepted samples 13 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|====================|100% (accepted samples 18 time 0 minutes)
Chain 2: | | 0% (accepted samples 18 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|= | 5% (accepted samples 45 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|== | 10% (accepted samples 71 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|=== | 15% (accepted samples 94 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|==== | 20% (accepted samples 122 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|===== | 25% (accepted samples 149 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|====== | 30% (accepted samples 173 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|======= | 35% (accepted samples 197 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|======== | 40% (accepted samples 225 time 0 minutes)<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08>|========= | 45% (accepted 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*** caught segfault ***
address 804a998, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: bpec.mcmc(rawSeqs, coordsLocs, maxMig, iter, ds, postSamples, dims)
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
Flavor: r-patched-solaris-x86