CRAN Package Check Results for Package SPUTNIK

Last updated on 2023-11-07 06:04:38 CET.

Flavor	Version	Tinstall	Tcheck	Ttotal	Status	Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang	1.4.1	17.07	468.24	485.31	ERROR
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc	1.4.1	13.49	330.06	343.55	ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang	1.4.1			645.14	ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc	1.4.1			560.18	ERROR
r-devel-windows-x86_64	1.4.1	16.00	450.00	466.00	ERROR
r-patched-linux-x86_64	1.4.1	20.15	429.55	449.70	ERROR
r-release-linux-x86_64	1.4.1	10.69	430.64	441.33	ERROR
r-release-macos-arm64	1.4.1			207.00	OK
r-release-macos-x86_64	1.4.1			398.00	OK
r-release-windows-x86_64	1.4.1	20.00	514.00	534.00	ERROR
r-oldrel-macos-arm64	1.4.1			192.00	OK
r-oldrel-macos-x86_64	1.4.1			390.00	OK
r-oldrel-windows-x86_64	1.4.1	21.00	503.00	524.00	ERROR

Check Details

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [10s/11s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [76s/83s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [16s/19s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [96s/101s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [128s/139s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
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     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
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     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
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     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-clang

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [7s/12s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [51s/85s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [13s/23s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [70s/111s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [85s/136s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
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     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
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     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
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     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
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     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
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     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
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     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
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     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
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     |========================================= | 51%
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     |========================================= | 52%
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     |========================================== | 52%
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     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
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     |=========================================== | 54%
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     |============================================ | 55%
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     |============================================= | 56%
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     |============================================= | 57%
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     |============================================== | 57%
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     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
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     |=============================================== | 59%
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     |================================================ | 60%
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     |================================================= | 61%
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     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
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     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
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     |============================================================================ | 94%
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     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
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     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
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     |============ | 15%
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     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
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     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
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     |================ | 20%
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     |================ | 21%
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     |================= | 21%
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     |================= | 22%
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     |================== | 22%
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     |================== | 23%
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     |=================== | 23%
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     |=================== | 24%
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     |==================== | 25%
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     |===================== | 26%
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     |====================== | 27%
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     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
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     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
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     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
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     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
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     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
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     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
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     |=============================== | 39%
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     |================================ | 40%
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     |================================= | 41%
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     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
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     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
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     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
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     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
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     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
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     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
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     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
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     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
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     |============================================================ | 75%
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     |============================================================= | 76%
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     |============================================================= | 77%
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     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
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     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
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     |
     |================================================================= | 82%
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     |================================================================== | 82%
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     |================================================================== | 83%
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     |=================================================================== | 83%
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     |=================================================================== | 84%
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     |===================================================================== | 86%
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     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
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     |====================================================================== | 88%
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     |======================================================================= | 88%
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     |======================================================================= | 89%
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     |======================================================================== | 90%
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     |======================================================================== | 91%
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     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
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     |========================================================================== | 92%
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     |========================================================================== | 93%
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     |=========================================================================== | 93%
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     |============================================================================ | 94%
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     |============================================================================= | 97%
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     |============================================================================== | 97%
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     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [12s/27s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [108s/365s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [21s/71s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [130s/295s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [171s/434s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
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     |== | 3%
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     |=== | 3%
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     |=== | 4%
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     |==== | 5%
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     |==== | 6%
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     |===== | 6%
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     |===== | 7%
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     |====== | 7%
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     |====== | 8%
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     |======= | 8%
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     |======= | 9%
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     |======== | 9%
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     |======== | 10%
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     |========= | 11%
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     |========= | 12%
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     |========== | 12%
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     |========== | 13%
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     |=========== | 13%
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     |=========== | 14%
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     |============ | 15%
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     |============= | 16%
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     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
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     |============== | 18%
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     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [11s/16s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [92s/121s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [18s/27s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [112s/123s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [146s/195s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running 'test_constructors.R' [7s]
     Running 'test_csr_filter.R' [78s]
     Running 'test_ext_data.R' [12s]
     Running 'test_global_ref_filter.R' [100s]
     Running 'test_pixel_count_filter.R' [134s]
    Running the tests in 'tests/test_csr_filter.R' failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
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     |============================================================================= | 97%
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     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
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     |=== | 3%
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     |=== | 4%
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     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
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     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
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     |========== | 13%
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     |=========== | 13%
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     |=========== | 14%
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     |============ | 15%
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     |============= | 16%
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     |============= | 17%
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     |============== | 17%
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     |============== | 18%
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     |=============== | 18%
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     |=============== | 19%
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     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
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     |================= | 21%
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     |================= | 22%
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     |================== | 22%
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     |================== | 23%
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     |=================== | 23%
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     |=================== | 24%
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     |==================== | 25%
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     |===================== | 26%
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     |====================== | 27%
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     |====================== | 28%
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     |======================= | 28%
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     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
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     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
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     |=========================== | 33%
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     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
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     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
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     |============================= | 36%
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     |============================= | 37%
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     |============================== | 37%
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     |============================== | 38%
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     |=============================== | 38%
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     |=============================== | 39%
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     |================================ | 40%
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     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
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     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
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     |=================================== | 44%
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     |==================================== | 45%
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     |===================================== | 46%
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     |===================================== | 47%
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     |====================================== | 47%
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     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
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     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
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     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
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     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
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     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the one-sample Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-windows-x86_64

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [9s/12s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [71s/86s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [15s/18s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [91s/101s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [109s/122s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
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     |=== | 3%
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     |=== | 4%
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     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
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     |===== | 7%
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     |====== | 7%
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     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
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     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
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     |============================================================================== | 98%
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     |=============================================================================== | 98%
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     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
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     |== | 3%
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     |=== | 3%
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     |=== | 4%
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     |==== | 5%
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     |==== | 6%
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     |===== | 6%
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     |===== | 7%
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     |====== | 7%
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     |====== | 8%
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     |======= | 8%
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     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
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     |======== | 10%
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     |========= | 11%
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     |========= | 12%
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     |========== | 12%
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     |========== | 13%
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     |=========== | 13%
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     |=========== | 14%
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     |============ | 15%
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     |============= | 17%
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     |============== | 17%
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     |============== | 18%
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     |=============== | 18%
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     |=============== | 19%
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     |================ | 20%
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     |================ | 21%
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     |================= | 21%
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     |================= | 22%
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     |================== | 22%
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     |================== | 23%
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     |=================== | 23%
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     |==================== | 25%
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     |====================== | 28%
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     |======================= | 28%
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     |======================= | 29%
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     |======================== | 30%
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     |========================== | 32%
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     |========================== | 33%
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     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
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     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-patched-linux-x86_64

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘test_constructors.R’ [9s/11s]
     Running ‘test_csr_filter.R’ [70s/87s]
     Running ‘test_ext_data.R’ [15s/21s]
     Running ‘test_global_ref_filter.R’ [89s/103s]
     Running ‘test_pixel_count_filter.R’ [113s/137s]
    Running the tests in ‘tests/test_csr_filter.R’ failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
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     |================================================== | 63%
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     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
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     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
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     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
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     |======================================================= | 69%
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     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
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     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
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     |============================================================================ | 95%
     |
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     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-release-linux-x86_64

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running 'test_constructors.R' [9s]
     Running 'test_csr_filter.R' [84s]
     Running 'test_ext_data.R' [17s]
     Running 'test_global_ref_filter.R' [110s]
     Running 'test_pixel_count_filter.R' [150s]
    Running the tests in 'tests/test_csr_filter.R' failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
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     |================== | 23%
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     |=================== | 23%
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     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
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     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
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     |=============================================== | 59%
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     |================================================ | 60%
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     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
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     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
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     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
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     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
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     |================================================================= | 81%
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     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
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     |=================================================================== | 84%
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     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
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     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
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     |======================================================================== | 90%
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     |======================================================================== | 91%
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     |========================================================================= | 91%
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     |========================================================================= | 92%
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     |========================================================================== | 92%
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     |========================================================================== | 93%
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     |=========================================================================== | 93%
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     |=========================================================================== | 94%
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     |============================================================================ | 94%
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     |============================================================================ | 95%
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     |============================================================================= | 97%
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     |============================================================================== | 97%
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     |============================================================================== | 98%
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     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
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     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-release-windows-x86_64

Version: 1.4.1
Check: tests
Result: ERROR
     Running 'test_constructors.R' [8s]
     Running 'test_csr_filter.R' [82s]
     Running 'test_ext_data.R' [15s]
     Running 'test_global_ref_filter.R' [103s]
     Running 'test_pixel_count_filter.R' [147s]
    Running the tests in 'tests/test_csr_filter.R' failed.
    Complete output:
     > # Test cmplete spatial randomness
     >
     > library(testthat)
     > library(SPUTNIK)
     >
     > test_that("CSR filter", {
     + x <- bladderMALDIRompp2010(verbose = TRUE)
     + mz <- attr(x, "mass")
     + shape <- attr(x, "size")
     +
     + msX <- msiDataset(values = x, mz = mz, rsize = shape[1], csize = shape[2])
     + msX <- normIntensity(msX, "PQN")
     + msX <- varTransform(msX, "log2")
     +
     + ticImg <- totalIonCountMSI(msX)
     + roi <- refImageBinaryOtsu(ticImg)
     +
     + # Reduce M/Z list for quick test
     + mz.mask <- msX@mz >= 800
     + msX@matrix <- msX@matrix[, mz.mask]
     + msX@mz <- msX@mz[mz.mask]
     +
     + cat("Clark-Evans test...")
     + csrCE <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "ClarkEvans",
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + cat("Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...")
     + set.seed(123)
     + csrKS <- CSRPeaksFilter(msX,
     + method = "KS",
     + covariateImage = roi, # Calculate the covariate
     + adjMethod = "bonferroni",
     + returnQvalues = TRUE,
     + plotCovariate = FALSE,
     + verbose = TRUE
     + )
     +
     + expect_is(csrCE, "list")
     + expect_equal(attr(csrCE, "names"), c("p.value", "q.value"))
     + expect_is(csrKS, "list")
     + expect_equal(attr(csrKS, "names"), c("p.value", "q.value"))
     +
     + csrFiltCE <- createPeaksFilter(which(csrCE$q.value < 0.05))
     + csrFiltKS <- createPeaksFilter(which(csrKS$q.value < 0.05))
     +
     + expect_equal(length(csrFiltCE$sel.peaks), 83)
     + expect_equal(length(csrFiltKS$sel.peaks), 133)
     + })
     Downloading the data from the repository...
     trying URL 'https://raw.github.com/paoloinglese/SPUTNIKexamples/master/data/maldiData.rda'
     Content type 'application/octet-stream' length 6306944 bytes (6.0 MB)
     ==================================================
     downloaded 6.0 MB
    
     Loading the data in the R environment...
     Creating msiDataset object...
     Detecting constant peaks...
     Generating image of detected peaks...
     Generating total-ion-count image...
     Clark-Evans test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
     |
     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
     |
     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
     |
     |================================================================ | 80%
     |
     |================================================================= | 81%
     |
     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
     |
     |================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 83%
     |
     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
     |
     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
     |
     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
     |
     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
     |
     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     Passing covariate as argument for Kolmogorov-Smirnov test...Scaling all the peaks intensities in [0, 1]
     Testing ion images for complete spatial randomness...
    
     |
     | | 0%
     |
     |= | 1%
     |
     |= | 2%
     |
     |== | 2%
     |
     |== | 3%
     |
     |=== | 3%
     |
     |=== | 4%
     |
     |==== | 5%
     |
     |==== | 6%
     |
     |===== | 6%
     |
     |===== | 7%
     |
     |====== | 7%
     |
     |====== | 8%
     |
     |======= | 8%
     |
     |======= | 9%
     |
     |======== | 9%
     |
     |======== | 10%
     |
     |========= | 11%
     |
     |========= | 12%
     |
     |========== | 12%
     |
     |========== | 13%
     |
     |=========== | 13%
     |
     |=========== | 14%
     |
     |============ | 15%
     |
     |============= | 16%
     |
     |============= | 17%
     |
     |============== | 17%
     |
     |============== | 18%
     |
     |=============== | 18%
     |
     |=============== | 19%
     |
     |================ | 20%
     |
     |================ | 21%
     |
     |================= | 21%
     |
     |================= | 22%
     |
     |================== | 22%
     |
     |================== | 23%
     |
     |=================== | 23%
     |
     |=================== | 24%
     |
     |==================== | 25%
     |
     |===================== | 26%
     |
     |====================== | 27%
     |
     |====================== | 28%
     |
     |======================= | 28%
     |
     |======================= | 29%
     |
     |======================== | 30%
     |
     |========================= | 31%
     |
     |========================= | 32%
     |
     |========================== | 32%
     |
     |========================== | 33%
     |
     |=========================== | 33%
     |
     |=========================== | 34%
     |
     |============================ | 34%
     |
     |============================ | 35%
     |
     |============================ | 36%
     |
     |============================= | 36%
     |
     |============================= | 37%
     |
     |============================== | 37%
     |
     |============================== | 38%
     |
     |=============================== | 38%
     |
     |=============================== | 39%
     |
     |================================ | 40%
     |
     |================================= | 41%
     |
     |================================= | 42%
     |
     |================================== | 42%
     |
     |================================== | 43%
     |
     |=================================== | 43%
     |
     |=================================== | 44%
     |
     |==================================== | 45%
     |
     |===================================== | 46%
     |
     |===================================== | 47%
     |
     |====================================== | 47%
     |
     |====================================== | 48%
     |
     |======================================= | 48%
     |
     |======================================= | 49%
     |
     |======================================== | 49%
     |
     |======================================== | 50%
     |
     |======================================== | 51%
     |
     |========================================= | 51%
     |
     |========================================= | 52%
     |
     |========================================== | 52%
     |
     |========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 53%
     |
     |=========================================== | 54%
     |
     |============================================ | 55%
     |
     |============================================= | 56%
     |
     |============================================= | 57%
     |
     |============================================== | 57%
     |
     |============================================== | 58%
     |
     |=============================================== | 58%
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     |=============================================== | 59%
     |
     |================================================ | 60%
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     |================================================= | 61%
     |
     |================================================= | 62%
     |
     |================================================== | 62%
     |
     |================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 63%
     |
     |=================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 64%
     |
     |==================================================== | 65%
     |
     |==================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 66%
     |
     |===================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 67%
     |
     |====================================================== | 68%
     |
     |======================================================= | 68%
     |
     |======================================================= | 69%
     |
     |======================================================== | 70%
     |
     |========================================================= | 71%
     |
     |========================================================= | 72%
     |
     |========================================================== | 72%
     |
     |========================================================== | 73%
     |
     |=========================================================== | 74%
     |
     |============================================================ | 75%
     |
     |============================================================= | 76%
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     |============================================================= | 77%
     |
     |============================================================== | 77%
     |
     |============================================================== | 78%
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     |=============================================================== | 78%
     |
     |=============================================================== | 79%
     |
     |================================================================ | 79%
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     |================================================================= | 82%
     |
     |================================================================== | 82%
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     |================================================================== | 83%
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     |=================================================================== | 83%
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     |=================================================================== | 84%
     |
     |==================================================================== | 85%
     |
     |===================================================================== | 86%
     |
     |===================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 87%
     |
     |====================================================================== | 88%
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     |======================================================================= | 88%
     |
     |======================================================================= | 89%
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     |======================================================================== | 90%
     |
     |======================================================================== | 91%
     |
     |========================================================================= | 91%
     |
     |========================================================================= | 92%
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     |========================================================================== | 92%
     |
     |========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 93%
     |
     |=========================================================================== | 94%
     |
     |============================================================================ | 94%
     |
     |============================================================================ | 95%
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     |============================================================================= | 96%
     |
     |============================================================================= | 97%
     |
     |============================================================================== | 97%
     |
     |============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 98%
     |
     |=============================================================================== | 99%
     |
     |================================================================================| 100%
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Warning: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     ties should not be present for the Kolmogorov-Smirnov test
     Backtrace:
     ▆
     1. └─SPUTNIK::CSRPeaksFilter(...)
     2. └─SPUTNIK:::.csr.test.im(...)
     3. ├─spatstat.explore::cdf.test(...)
     4. └─spatstat.explore::cdf.test.ppp(...)
     5. ├─base::do.call(...)
     6. └─spatstat.explore (local) `<fn>`(...)
     7. └─spatstat.explore::spatialCDFtestCalc(fra, test = test, ...)
     8. ├─stats::ks.test(U, "punif", ...)
     9. └─stats:::ks.test.default(U, "punif", ...)
    
     ── Failure: CSR filter ─────────────────────────────────────────────────────────
     length(csrFiltCE$sel.peaks) not equal to 83.
     1/1 mismatches
     [1] 89 - 83 == 6
    
     Error: Test failed
     Execution halted
Flavor: r-oldrel-windows-x86_64